El Departamento cuenta con un equipo de Investigadores, que desarrolla investigación científica básica y fundamentalmente aplicada, participan como miembros de equipo de investigación interdisciplinario en proyectos financiados por el Programa Prociencia del Conacyt como el PINV15-68, donde el Prof. Dr. Oscar Luis Valiente participó como Investigador Principal Asociado. Así también los Investigadores consiguieron la financiación a través del programa Prociencia del Concacyt de un equipamiento para investigación a través del Proyecto LAbO18-59, de más de 1.100 millones de guaraníes, que en está en  etapa de licitación para la adjudicación.

Los Investigadores desarrollan regularmente proyectos de investigación Departamental o Interdepartamental que son realizados con acompañamiento de estudiantes que se inician en investigación y que los aprovechan para elaborar sus tesis de grado y en otros casos tesis de postgrados (nivel de Maestría).

Las áreas, subáreas y líneas de Investigación que se encuentran vigente en el Departamento están estructuradas de la siguiente manera:

Los Docentes Investigadores del Departamento y sus cargos están conformados de la siguiente manera:

Tres de los Cincos Docentes Investigadores se encuentran categorizados en el Programa Nacional de Incentivo a Investigadores (PRONII) del Conacyt, tal como se presenta en el siguiente cuadro: